次年，再次出征匈奴，其外甥霍去病崭露头角，以八百精骑兵，在大漠奔驰数百里，斩敌二千余人，击杀匈奴单于祖父，俘虏单于的国相及叔叔，一战封为冠军侯。卫青也得以和霍去病舅甥联手，相得益彰。
此后数年，匈奴进犯减少。而汉武帝也想通过数年准备，以卫青、霍去病合力，给予匈奴致命一击，于三年后发动了漠北之战。令卫青与霍去病各率领五万骑兵，步兵和运输物资的军队十万余，兵分两路，横跨大漠，出击匈奴。
原定由霍去病对抗匈奴单于主力，卫青对抗左贤王。可没想到，卫青大军刚刚出塞一千多里，就与匈奴单于主力遭遇。危急时候，卫青不慌不忙，命前将军李广等将从右翼包抄。自已从正面对抗单于主力。
此时，恰巧太阳将落，刮起大风，飞沙走石，两军都无法看见对方，于是一场混战开始，双方杀伤人数大致相同。而此时卫青捕到匈奴俘虏，说匈奴单于在天未黑时已经逃离而去。于是大声呼喊匈奴主帅逃亡，并派出轻骑兵追击。匈奴兵士四散奔逃，一溃千里。
此役俘获和斩杀敌兵一万九千余人，而且兵锋直达了窴颜山赵信城，获得匈奴屯积粮食无数。卫青让汉军留住一日，把城中剩余的粮食全部烧掉才返回。
此次漠北之战，击溃了匈奴在漠南的主力，从此“匈奴遂远遁，漠南无王庭”，开始逐渐向西北迁徙，十几年内再无南下之力。汉武帝也加封卫青为大司马，以代太尉之职，管理日常军事行政事务。
照理说，卫青在此时之功绩，与周亚夫差不多，但是与周亚夫不同的是。卫青行事非常低调，即便是位极人臣，也始终保持谦恭有度，而且敬重贤才，向汉武帝推荐过主父偃和咸宣，后来成为汉武帝倚重之臣。
而且，卫青不光做得好，心胸也确实宽阔。
随着其地位的日益尊重，汉武帝希望群臣见卫青的时候，都要行跪拜之礼。而一个大臣汲黯，见了卫青却依旧行作揖之礼。可卫青不但不生气，反而更加尊重汲黯，经常向汲黯请教国家和朝中的疑难之事，看待汲黯胜过平素所结交的很多人。
卫青不光低调内敛，还宅心仁厚。
扫荡漠南时，他刚刚升任大将军不久，其部下苏建，率领三千骑兵意外遭遇了大单于上万主力，而前将军赵信又临阵倒戈，苦战一天之后，苏建只身逃回。
这时候，军中对于是否杀苏建以立大将军威的问题，产生了分歧。有人说兵法讲“小敌之坚，大敌之擒也”，苏建以少敌多，苦战到全军覆没也没有二心，不该被杀。另外的人则说卫青就任大将军就任以来，还未杀过副将，杀苏建而“立威”正是时候。
轮到卫青说话时，他否决了“杀将立威”的话，表示以天子恩宠而任命为大将军，不愁没有威望。不过，虽然我有生杀大权，却不敢擅专，还是把这事交给天子定夺。于是，让人用囚车押回京城。
其实，当场不杀，这就相当于是放了苏建。因为汉代有以钱孰命的法律，而以囚车交给皇帝处理，既放了苏建一条生路，又尊重了汉武帝的最高裁决。
从这件事情，就能够非常清晰的看出来，卫青贵为大将军之后，并不专权，也不得意忘形，时时刻刻想着的，是尊重皇帝的无上权力。这样对“功高震主”的主动规避，结果一定是非常有效的。
后来的事实也证明了这一点，到了京城之后，汉武帝果然放了苏建赎为庶人。在此这宾，也才有了苏建的儿子苏武，在塞外被扣留十几年仍不变节归汉，可见其志坚。卫青与汉武帝联手赦免苏建，也成为后人津津乐道的话题。
因为卫青本来为人就亲和力强，而赦了苏建之后，跟过卫青的部将，包括一些出使过长安的谒者都说：“大将军材干绝人，众将皆乐为大将军所用”，甚至有“淮南第一剑客”之称的游侠雷被，都主动请求跟随卫青打匈奴，足见卫青的人望之高。
而对于人们经常议论的卫青与外甥霍去病之间的关系，卫青也处理得很好。漠北大战之后，受“无功不得封侯”的影响，追求军功的部下纷纷离开不再出征的卫青，转投到仍然征战在第一线的霍去病门下，于是经常得到官爵。
于是有人散步言论，说他们舅甥关系不好。可卫青并不以为然，根本不管这些流言蜚语。该对霍去病怎么样，就怎么样。
后来发生的一系列事情，也证明正是因为卫青的豁达，霍去病与其关系并非传说中的不睦，而是亲厚得很！
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