事实上郑成功现在也陷入了一个两难的境地：如果将水师放在岛北，岛南就根本抵挡不住大兴军舰队的进攻。
如果放在南边，北面数万步卒一旦登岛，后果仍然不堪设想。若将水师船只平均分配，南北分守，则两面都处于兵力数量劣势，形势依然危急。
“大兴军的水师虽然有铁甲舰，木船数量也不少，但他们的士卒却远远没有我军精锐。”郑成功沉思了好半晌，这才缓缓说出了自己的打算。
“本公决定，亲率九镇水师于岛南迎战大兴军，剩下一镇船只由马提督统带，协同步军共防大兴军步卒登岸！”
一镇兵马一千二百人，大小船只有五六十艘，这么点数量对于数万大兴军来说简直是杯水车薪，但郑成功没有更好的办法，如果岛北一条船都不留，大兴军就可以从容乘船发起进攻。
“大兴军的铁甲舰看似威猛不惧火攻，但它们船身低矮，正适合我军跳帮作战。岛北水师尽量迟滞贼军，等到岛南水师重创贼军舰队，便可救援岛北！”
郑成功麾下水师的作战方式依旧和郑芝龙时代一样使用传统的冲撞战术，他们利用自己船身高、士卒善于在船上作战的优势，占据上风冲撞敌方船只，用船头的撞角将敌船撞坏沉没，郑军将这种战术叫做“犁沉”，大型的赶缯船因此被他们称作“犁缯船”。
如果敌方船只没有被撞坏，他们会在靠近敌船后，利用船身较高的优势用弓箭、火枪火炮对敌船上的人员进行射杀，然后再进行传统的接舷战，士卒和水手全部跳到敌船上白刃格斗杀死杀伤敌人，夺取船只。
由于郑军水师将士基本都是积年海寇或从小就生长在船上的海边渔民，在船上如履平地，而清军的士卒多半都不识水性，晕船不说，在起伏不定的船上连走都走不稳，因此郑军在与清军水上作战时大占便宜，他们自己也形成了郑军“海战无敌”的错觉。
不光郑军水师将士如此认为，就连郑成功也觉得本就应该这样，所以他在安排兵力应战之时，才敢以九镇水师迎战大兴军舰队，而且还准备将之击败后再驰援岛北步军。
不得不说这很狂妄大胆，但郑成功已经别无选择，在他看来，此战胜负全在于赢得时间——能否快速击破南路大兴军舰队。
郑军将领觉得此举过于冒险，可他们也没有更好的办法，只得默默地接受了郑成功的安排。
只可惜，主动权操在大兴军手上，负责岛南进攻的实际指挥者黄梧十分清楚这一点，他当然不会让心急的郑成功如愿。
无论从哪一方面来算，最想一举消灭郑军甚至杀死郑成功的人就是这位新降大兴军的将领。
知己知彼的黄梧为了充分掌握最好的攻击时机，反复进行了精心测算，将大兴军水师进攻厦门岛的时刻定在了永历十年十二月十日上午七点，此时正是海水涨潮之时。
郑成功心里很清楚，这一战他再也输不起。自从作出全面应战的决定之后，他就将水师中的快哨船全部分派出去，不分白昼、一刻不停地监视着镇海卫的大兴军水师舰队。
如果大兴军舰队发起攻击，他必须在第一时间得到消息并且派出水师予以阻击。
李元利下令不用管郑军远远监视的快哨船，他的目的是要一举奸灭郑成功的水师，不想过早的暴露大兴军舰炮的实力，如果吓到了他们，很在可能郑成功会放弃厦门逃窜外海。
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