郑成功起兵之初，其麾下多为郑氏族人及其父郑芝龙旧部海寇和走私集团私军，将领多为郑氏老人。
永历四年，郑成功杀其族兄郑联、驱逐郑彩取了厦门。永历六年，清军攻破厦门，郑成功杀其堂叔郑芝莞，逼其叔父郑鸿逵下野，至此完成了对郑军的完全掌控。
郑成功治军严苛，这在当时的情况下实施严刑峻法本来也是无可厚非，但他错就错在擅杀、乱杀。他一生大小战役上百次，诛杀临阵脱逃者、作战不利者不计其数，并且牵连全家。
郑成功杀下属不但喜欢杀其全家，而且在他的控制区域内不服从号令的城寨，也是动不动就屠城屠寨，老少不留！
时厦门同安人阮旻锡在所著的《海上见闻录》中对他的评论：用法严峻，果于诛杀，于是人心惶恐，诸将解体。这确实就是对他的真实写照。
总的说来，郑军麾下将士对郑成功只有惧怕而根本没有出自内心的尊重。
后世历史上郑成功北伐南京，清军挨个攻打郑军各部，总兵力远多于清军的郑军因为没有得到郑成功的命令而不敢救援，眼睁睁看着友军被消灭而导致最终全军溃败！
到了收复大员之后，郑经通奸事发，郑成功派人赐死郑经，却遭到留守金厦的将领群起抗命，其中就包括黄廷、王秀奇等自他起兵之初就跟随多年的老将。
此时大兴军大兵压境，郑成功询问应对之策，满堂文武竟无一人应答，一则大兴军和清兵不同，本身同属汉人军队，而且兵力强盛，根本不是郑军所能抗衡。
但最主要的还是众人都清楚郑成功的性格，施琅就是前车之鉴，郑成功不但不采纳他的谏言反而将他革职，后来更是杀其父兄逼反了他。这种情况之下，谁还敢跳出来自触霉头？
“国姓！下官以为降大兴军也未尝不可！”
一听此话，众人都吃了一惊，在这关头劝国姓爷投降，那岂不是找死？不过大家抬头一看，却又放下心来——原来说话的是张煌言。
张煌言属于鲁监国浙东一系，虽然现在寄居金厦，但他现在还挂着永历帝所封的监军兼兵部左侍郎的职衔，郑成功既奉永历帝为主，也不好明目张胆地斩杀这么一位“朝廷重臣”。
不过郑成功也没有好脸色给他看，他瞟了张煌言一眼道：“此非降战之议！”意思就是说今日不是商议降与不降，而是如何应战的问题。
张煌言本是浙江鄞县（今宁波市鄞州区）人，他出身于前明官宦之家。清军入关，南京失守之后，与钱肃乐等起兵抗清，后与张名振等奉鲁王朱以海转战于浙东沿海，入据舟山，清军攻陷舟山后，二张又奉鲁王跑到福建依附于郑成功。
永历九年，张名振与张煌言合兵三入长江，抵燕子矶，因兵力单弱无功而返，于是又会同郑成功部甘辉、陈六御等收复舟山。张名振死后，原本遗嘱由张煌言统领其军，而郑成功却下令由陈六御接掌。
次年清军再度占领舟山，陈六御阵亡，张煌言率领残部逃回厦门继续依附郑成功，郑成功令其率军驻金门。
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