相传，在十年前忍界有三位神。
亦是在那时……
天下大乱！
三位神共同迎敌，将恐怖的敌人“铲除”。带给忍界新的和平，长久的和平。
今时今日，随着时间的流逝，两位神的踪迹渐渐淡出人们的视野，唯有一人仍然活跃着——火之国木叶村七代目火影——漩涡鸣人！
曾经的妖狐，却是忍界的救世主。
新一辈的孩子、少年多是只知漩涡鸣人，而不知另外两名“神”是谁，在哪。
且岁月匆匆，这十年，忍界已然在某些个庞大势力的联手下走向科技与忍者结合的时代。
那两个势力，盘踞于短册街，却无一人敢有异议——未命名组织和八岐研究所。
此刻……
“星空外的敌人已经赶来，而且还有别的东西正在靠近？”八岐研究所最底处，两名男子正相对而坐。
其中一名男子露出一只六勾玉的轮回眼，他问。
另一名男子生有蛇瞳，貌如女子，“是的，看样子忍界沉寂十年的平静又要被打破了，也是时候让他忙了。”
“不急。”
“哦？——”
“再继续研究，毕竟我不希望这消息太假。”
“呵呵……”
……
气派辉煌的宫殿，三人合抱的柱子，镂空的窗棂，袅袅的香烟，隐约间，似有清脆的读书声传出。
殿门外无人看守，门匾上刻有三字——巫女宫。
蓦地，一道铃铛声自宫殿内荡开。
“父亲大人！”
读书声戛然而止，那是孩子欣喜的声音。
来人一头短发，一身粗衣麻布，黑眸里，映着殿中榻上的三人。
“辛苦你了。”他走上前，将跑过来的女孩抱着，凝望那米黄色长发，紫色眸子的女子。
女子摇摇头，问：“有查探到什么吗？”
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