千年兽停止进攻我们，开始镇压叛乱。就在他们打得不可开交的时候，我和世界树开始了反攻。虽然千年兽他们的内讧消耗了不少的实力但是剩下的还是很强大的。
这场战役的最终结果是我们将魔王型数码兽和其他叛乱的数码兽被监禁在黑暗区域之内。这里成为了最危险和邪恶的数码兽的监狱成为恶魔或堕天使数码兽，很多魔王都处在被封印在了这里。当数码兽被冠以七大魔王之名的数码兽葬送时，他们的数据不会轮回转生，而是送往黑暗区域的中心，化为魔王们的血肉。而这里也逐渐形成了自己的体系诞生了其他许多恶魔类的数码兽。黑暗区域的中心作为由其贵族带领的恶魔般数码兽的巢穴。大多由贵族带领的军队被称作“噩梦军团”。
千年兽在最后的时刻虽然重伤但是却成功的逃进了“黑暗之海”，那是由无数的病毒型数码宝贝死亡后的怨念形成的邪恶区域。我们的力量在封印了那些魔王数码宝贝后已经所剩无多了，黑暗之海太大了而且黑暗之海不是我们可以生存的，在那里我们需要用力量来抵御黑暗之海的侵蚀。所以我们根本没用足够的力量在黑暗之海寻找千年兽。所以我们只能在黑暗之海布下封印，然后在留下一个勇者兽的分身在那里监视就就全体返回了数码宝贝世界。
虽然打败了千年兽的进攻但是我们的损失也是非常大的，世界树和十三皇家骑士团的力量几乎所剩无几，而我们的本源—勇者兽的本体在最后爆发了全部的力量才重创了千年兽让我们赢得了这场战争的胜利。勇者兽也受了重伤恢复全盛遥遥无期。
然而这一切还没有结束，黑暗区域的千年兽虽然战败了但是那里还有很多的黑暗数码宝贝。黑暗之海对数码宝贝世界还在不断的侵蚀。而我们的高端力量几乎损失殆尽。
在这个关键的时候，世界树牺牲了自己化为火墙抵挡了黑暗区域的侵蚀。封上了黑暗区域通向数码宝贝世界的大门。
数码宝贝世界在经过了多年的战争已经频临崩溃的边缘于是世界树分化出了圣石，以此稳固数码宝贝世界。而十三皇家骑士也将自己化为了本源力量附在圣石上来稳固数码宝贝世界。世界树在最后留下了一段数据在数码宝贝世界，这段数据吸收了资料散布在数码宝贝世界，他们自称为代理者—代理世界树管理数码宝贝世界。他们防御外来的侵略，维护数码宝贝世界的正常运转，将一些不该存在的数据清除掉。
我们和代理者通过这场战争意识到人类世界对于数码宝贝世界的影响实在是太大了，我们需要将数码宝贝世界脱离人类世界的影响。于是我们制定了计划，准备将数码宝贝世界升级为物质的世界不再受人类世界的影响。
虽然我们想要快速的升级数码宝贝世界但是这不是一个短时间可以实现的事情，而且这还需要庞大的能量我们能量不足以支撑这个计划。就在我们一筹莫展是千年兽苏醒了并且跟我们谈了一个交易。
他说他可以提供数码宝贝世界升级说需要的能量，但是他的力量都是黑暗的所以他提出可以由他来控制数码宝贝世界从而用黑暗力量来完成升级。
但是他提出的这个计划不是我们可以接受的，由千年兽来控制数码宝贝世界是不可能的。但是我们也拿不出这么多的能量，所以我们必须用黑暗的力量来完成，因为我们不敢想像在这个时间段里人类世界还会向数码宝贝世界投入多少的病毒。所以我们最后达成了协议：由千年兽派遣魔王控制数码宝贝世界但是力量不能超过究极体，用黑暗的力量完成数码宝贝世界的升级。但是我们需要力量来牵制魔王。
就在这个时候，在人类世界的网络里产生了一个数码蛋，落在你们家里。而你和嘉儿在短时间里将这个数码蛋进化为了成熟期。我们从你们的身上看到了人类对于数码宝贝的重大意义，于是我们相当借助你们的力量了，制定了一个计划—神圣计划。
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