马援也身患重病，一时，部队陷入困境。马援命令靠河岸山边凿成窟室，以避炎热的暑气。虽困难重重，但马援意气自如，壮心不减。
每当敌人登上高山、鼓噪示威，马援都拖着重病之躯出来观察瞭望敌情。手下将士深为其精神所感动，不少人热泪横流。不久，这位身经百战的老将军便在疫病的折磨中逝世！
“俗话说，文能安邦，武能定国，这才能被称之为全臣。”马平颇为感叹地说，“我们祖上就是一个这样的人。一般人都以为祖上是一员武将，文事稍逊，其实不是这样的。”
马援不唯战绩卓著，治理地方也很有成效。在陇西太守任上时，金城破羌以西，离汉廷道途遥远，又经常发生变乱，不好治理。朝廷大臣商议，要把该地区舍弃。
马援持不同意见，他提出了三条理由：第一，破羌以西的城堡都还完整牢固，适于固守；第二，那地方土地肥沃，灌溉便利；第三，假如舍弃不管，任羌人占据湟中，那么，以后将有无穷的祸患。
光武帝觉得他言之有理，依从了他的意见，下诏命令武威太守把从金城迁来的客民全都放回。放回的客民一共有三千多，他们各自都返回了原籍。
马援又奏明朝廷，为他们安排官吏，修治城郭．建造工事，开导水利。鼓励人们发展农牧业生产，郡中百姓从此安居乐业。
马援还派羌族豪强杨封说服塞外羌人，让他们与塞内羌族结好，共同开发边疆。另外，对武都地方背叛公孙述前来归附的氐人，马援以礼相待，奏明朝廷，恢复他们的侯王君长之位，赐给他们印缓。
马援在陇西太守任上一共六年。由于他恩威并施，使得陇西兵戈渐稀，人们也逐渐过上了和平安定的生活。马援治郡，务开恩信，宽以待下。他要求官吏务尽职守，自己从不过多于预，只是总其大体而已。
他家里总是宾客盈门，旧交满座。手下的官吏来汇报具体事务，如果不是非管不可，他就说：“这是县丞、县尉的责任，你们老来烦我干什么？要是大户人家欺负小老百姓，有外敌入侵，这才是我的事！”。
一次，在靠近县城的地方，乡民们结伙械斗仇杀。人们误认为羌人要造反，惊慌失措，争先恐后涌人城来。狄道县县长闻变，赶到马援府门，请示关闭城门，整兵戒备。
马援当时正与宾客饮酒，得此消息，大笑道：“这些烧当族的羌人已被我打怕了，哪里还会再来侵犯我？告诉狄道县长守好衙门；百姓害怕的，可暂时藏起来”。不久，城中安定下来，才知是虚惊一场，大家愈发佩服马援。
在剿灭征侧、征贰后，马援见西于县辖地辽阔，有三万二千多户，边远地方离治所一千多里，管理不便，就上书给皇帝，请求将西于分成封溪、望海二县。皇帝许之。
马援每到一处，都组织人力，为郡县修治城郭，并开渠引水，灌溉田地，便利百姓。
马援还参照汉代法律，对越律进行了整理，修正了越律与汉律相互矛盾的地方，并向当地人申明，以便约束。从此之后，当地始终遵行马援所申法律，所谓“奉行马将军故事。”
马援关心国事，遇到该说的话，从不隐饰回避。他在陇西，发现币制混乱，使用不便，就上书给朝廷，提出应该像过去一样铸造五铢钱。
朝廷把他的建议提交三府审议。三府奏明皇帝，说马援的建议不可行，这事就搁置起来了。马援认为币制关系重大，始终挂记此事。
后来，他从陇西调入朝廷任虎贲中郎将，回朝后，马上就去找回了自己的奏章。见奏章上批有十几条非难意见，便依据情理加以驳正解释，重新写成表章上奏。光武帝见他言之有理，采纳了他的意见，天下从此得益很多。
马援回到朝廷后，屡次被接见。他须发明丽，眉目如画，善于应对，尤其善于叙述前代故事。在他口中，三辅长者、闾里少年，均有可观可听之处。
皇太子、诸王听马援讲故事，从不感到厌倦。马援还善言军事，光武帝常对人说：“伏波论兵，与我意合”。因此，凡是马援提的建议，光武帝都予采纳。
有一次，马援在寻阳(今湖北广济东北)平定山林乱者，曾上表给皇帝，其中有这样的话：“破贼须灭巢，除掉山林竹木，敌人就没有藏身之地了。好比小孩头上生了虮虱，剃一个光头，虮虱也就无所依附了。”
据说，光武帝览书后，觉得马援这办法、这比喻，都堪称绝妙，赞叹之余，来了个当场运用，下令把宫中小黄门头上有虱子的，一律剃成了光头。
马平说完马援故事，叹曰：“大丈夫当效法我祖，生作人杰，死为鬼雄。征战沙场安定天下，马革裹尸又有何憾？治理地方为善百姓，鞠躬尽瘁青史留名！
腾儿，我看你文成武就，人说学成文武艺，卖与帝王家，将来有机会当报效朝庭，封妻荫子，重振马家！”
马腾站起，向父亲躬身行礼：“父亲且请放心，儿子当以祖上为榜样，忠心报国，死而后已！”
尝有一诗，云：
马家高祖是文渊，马家儿郎在乾健。
祖上留名千百世，且看肖孙谱新篇。
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