虽然现在关立远很想问问，长门究竟在温泉浴池中，留下了什么线索，令自来也能够追踪过来，但现在显然不是问这个的时候。
不知道自来也和已经是火影的鼬，有没有互通过情报，目前自来也了解的情报，明显有些偏差……
在看到长门的六道分身之前，自来也就已经知道晓组织首领的能力是“轮回眼”，但似乎之前自来也是在怀疑长门因为某种原因黑化。
弥彦和长门当初都是自来也的弟子，他们因为火之国与雨之国的战争，而沦为孤儿，长门只是普通人的父母，更是死在了木叶忍者手中。
但是当时自来也却制止了大蛇丸“斩草除根”的建议，选择了亲自照顾并指导还是孩子的弥彦、长门还有小南，直到认为他们已经有了自保之力才离开。
因为长门在父母死时，开启了“轮回眼”，而自来也又没有能力分辨这是不是他自己的眼睛，因此一度将长门视为能够拯救忍界的“命运之子”。
之后自来也同样关注过三名弟子的消息，在知道他们创立了致力于恢复雨之国和平的晓组织，以温和的手段小心翼翼的恢复雨之国秩序的时候，还感到很欣慰……
然而随后却得知雨隐村的首领，山椒鱼半藏假意与晓组织合作，实则埋伏偷袭，最终双方同归于尽的消息。
当时自来也在震惊的同时，也来雨之国调查过。
发现果然晓组织在那之后，就彻底销声匿迹，这样是促使自来也心灰意冷，离开木叶开始周游世界的原因之一。
直到多年之后，再次听到“晓组织”的名字时，居然发现这是一个与当初的晓组织性质截然相反的恐怖组织！
自来也应该比鼬更早知道晓组织与雨之国的关系，但因为怀疑是有人利用了晓组织的残党，为了不令已故的弟子的心意被践踏，自来也一直希望能够说服晓组织的新首领。
直到最近他发现，晓组织的首领佩恩，似乎也掌握着轮回眼的能力，这才开始怀疑当初长门并没有死，但是却走上了与当初不同的道路……
然而在看到佩恩居然是弥彦之后，自来也却动摇了。
当初长门对“轮回眼”的使用效率并不高，因此自来也对于轮回眼的能力，也并非十分了解。
“究竟发生了什么？我所认识、教导的弥彦，并不是会轻易堕入黑暗的。”自来也看着弥彦说道。
此时自来也更加怀疑，是长门因为某种原因、或许就是在当初山椒鱼半藏的袭击中死亡，将眼睛留给了弥彦，也令弥彦改变了自己的想法。
虽然在忍术方面，拥有轮回眼的长门，无疑是最具有潜力的，但在领导才能与人格魅力方面，弥彦才是三人中的代表……
一开始的晓组织，也是秉持弥彦的思想，不断的聚拢希望雨之国恢复和平的叛忍与普通人。
只是弥彦错估了山椒鱼半藏日益增长的权力欲望，并且小看了权力斗争中的黑暗面，曾经乐于提携后辈的山椒鱼半藏，当时已经一心认为晓组织是影响他在雨之国的权威的存在。
最终弥彦死在了山椒鱼半藏假意合作的埋伏中，而原本只是跟在弥彦身后的长门也黑化并通灵出“外道魔像”杀死了在场的雨忍，不仅令身体消耗严重，而且也令心灵堕入黑暗。
开始认为“令世界感受到足够的痛苦，才会有和平降临”。
自来也一开始的推测其实大多都是对的，只是没想到长门的轮回眼，有控制尸体的能力，而且长门又希望用这种方式，令弥彦与自己一起见证“和平”，因此自来也看到“佩恩”之后又心生怀疑。
“是自来也老师太天真了。”佩恩一副“收养孤儿也救不了忍界”的语气。
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