在第二次冲击中死去了一半人口和大量生物，造成了前所未有的社会动荡。人类社会一时间缺乏物资，无数孩子突然就成为了孤儿。
加持和他弟弟还有一群好友也是突然失去了父母，而他们的运气没有加持那么好，都在巨大的动乱中惨死，从那个时候加持就决心找到第二次冲击的真相。
陨石是不可能的这么杀人的，在加持的调查之中他逐渐知道了在这个世界上，在各国政府背后隐藏着一个更大的阴影，那就是SEELE。
而SEELE的总部就在德国，为了能获得更多的真相，他放下了爱情走上了这条艰辛之路。
现在加持已经是SEELE的一个密探了，他的任务其实是监视‘人类补完计划’的执行者碇源渡。不过加持对SEELE内部的权利斗争没有兴趣，他只希望知道真相，谁能告诉他更多情报他就帮助谁。
碇源渡能，所以这一次加持来日本同时也带来了给碇源渡的礼物，已经变为胚胎的亚当。显然这位总司令大人已经开始为最后一步准备了，给自己买了VIP的门票。
加持知道只要完成这一次任务，从碇源渡身上拿回的拼图应该就能让自己掌握真相的全貌了。
“加持，我们去甲板看风景吧。”明日香却不想让加持一直和美里打情骂俏，拉着加持就去了甲板。
太渣了，连少女都欺骗。看他们的样子，美里就气不打一处来。
舰队虽然是在海上，可是其实这里原本是陆地，在红色死寂的海水下面其实是被淹没的城市。原本生命的摇篮现在却成为了死地。
红色的海水是生物‘心之壁’分解后形成的，就是血肉的分解物质，十几年都没有任何的改变。根据科学家的计算，净化大海可能需要几百年甚至几千年，在这段时间里人类再也得不到大海的馈赠。
大海里没有鱼，人类会少掉很多食物。就如罗素一直说的一样，这个世界现在很糟糕。
不过没有生物，不代表没有使徒，一只巨大无比的使徒正在海水中游曳，虽然微弱但它感觉到了亚当的存在。
所以在红色海水的掩护下，它在快速接近舰队。
“鱼来了，走钓鱼去。”使徒找上门来了，肯特立刻带上伽娜塔去抓鱼。之前雷使徒是给罗素和碇真嗣一次合作的机会，新来的这只使徒就不用留了，直接给伽娜塔吃了。
声呐发现海底有巨大物体高速接近，舰队司令立刻命令护航舰船准备鱼雷。
那么巨大的阴影，恐怕是使徒无疑，难道它是想要二号机？美里是这么认为的，可是她高估了使徒的智慧，它想要的是亚当。
传统军队有传统军队的荣誉感，他们不屑于借助小鬼的力量：“你们都从舰桥出去，这里不是你们待的地方。”
听到警报声，美里他们是第一时间来到舰桥，可惜司令不给神经元面子。
明日香想到正好可以表现一下，拉着罗素座上快艇就到了二号机的运输船上：“好机会，正好让你见识一下二号机的厉害。”
罗素心说他不关心这个啊，这女人怎么如此野蛮不讲理？而且还让他穿红色的女式战斗服，不穿，“要么就便服上要么你自己去。”罗素可不是真的碇真嗣啊。
明日香似乎没想到这官二代还有脾气，一咬牙：“那就这样上去。”一定要让这个同步率比自己高的家伙亲眼看到自己精湛的驾驶技术。明日香也就勉为其难让罗素不穿战斗服上二号机了。
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