段祺瑞负责对两个混成协整编的工作相对简单，第一、二混成协本身是北洋出身，对段祺瑞非常熟悉，现在由段祺瑞负责整编，没有任何人敢反对。
精简人员之后，从其它4镇抽调部分士兵，把2个独立混成协补充满员，把炮营的火炮全部换成管退式克虏伯75mm山炮，每个混成协有1营的炮兵，每个炮营有18门山炮；把轻机枪配备到各队，每队有麦德逊轻机枪2挺，把重机枪配备到各营，每营有马克沁重机枪2挺；步枪全部换成毛瑟1888委员会式步枪，两个协的战斗力立刻提升了一个台阶，再经过夏帝国军事教官的训练之后，相信这2个独立混成协肯定是大清国内战斗力最强的部队之一了。
为了提高这两个混成协的训练积极性，段祺瑞在整编的时候就透漏了，哪个混成协训练的效果好，战斗力强，年底就以哪个混成协为基础进行扩编，直接扩编为镇，协统担任镇统治，另外一个混成协扩编为镇的时候，协统继续担任协统，镇统治会从外部调入，其它各级军官也是参照该准则执行，这大大的刺激了各级军官训练的积极性，否则的话别说当镇统治了，还有降低一级使用，谁也不愿意落后的，在此后的3个月内，每日都把军队训练的苦不堪言，积极性比教官都高。
在东三省的征兵工作也开始进行，其实也就是在奉天各地招兵，吉林和黑龙江的人口还是太少了，没法大规模招兵。
而杜世辉也没有闲着，在确定好分工之后，就派出侦察兵前往3省，对各地的土匪情况进行摸底。
1个月后，各路侦察兵回来汇报，整个东三省的土匪势力，比当初估计的还要严重很多，分别得到日俄的援助，现在比在日俄战争期间还要强大了很多。
段祺瑞也知道在东北剿匪的困难程度和重要性，就告诉杜世辉说：“杜将军，现在看来土匪势力非常猖狂，必须杀鸡骇猴，先拿几个主要的土匪开刀。”
“不行，任何人在这个世界上存活就有他存活的价值和意义，他们现在作恶多端，是社会环境造成的，也是他们没有找到自己的定位，没有发挥出他们的价值，我决定了，开始不会杀人，先招安，就是对那些顽固不化的人，也只是实行劳动改造。对于招安之事段将军有什么建议呢？”
段祺瑞考虑了一会后说：“说实话，我对剿匪之事不是很熟悉，不过我可以向将军推荐几个熟悉土匪的人物，在他们的协助之下，剿匪工作肯定会事半功倍。”
“谁有这么大的本领？说老看看。”
“就是刚刚整编的巡防营，各路统带基本是土匪出身，对剿匪之事可是比咱们这些科班出身的强很多。特别是冯麟阁，以前还号称是东北绿林领袖，张作霖也不简单，他的手下基本上是收编的土匪组成，他们早就有官身了，与东北绿林道上的人还是有很深厚的交情的，要是能得到他们的帮助，将军感觉会不会事半功倍？”
“怎么样？段将军，我就说，任何人都有自己的价值，没有发挥出来是因为他们没有找到自己的位置，现在该让这些土匪出身的人发挥余热的时候了。”
于是，杜世辉派人把正在高等军事学堂培训的巡防营管带以及以上军官全部请到他的驻地。
张作霖等人最近在努力学习，准备在毕业时考个好成绩，到时候能在新军中安排一个好位置，突然被命令全体跑步去军营，大家都感觉很惊讶，不知道发生了什么事情。
大家忐忑不安的来到军营会议室，发现段祺瑞和王英楷分别坐在一位挂中将军衔的军人两边，这让大家更加奇怪。
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