李元利的除瘴三策如下：一是除四害——老鼠、蟑螂、苍蝇以及蚊子，尽量减少疾病传播的途径。
填平坑洼，翻缸倒罐，堵塞树洞，消除积水，疏通沟渠，铲除杂草，水田养鱼。这些都是消灭蚊虫的方法，再加上用能够杀虫的药草来杀死虫卵，实际上也是在对付“瘴毒”。
二是搞水利、改洼地。封闭的洼地是最容易产生瘴气的地方，但如果给洼地开出排水口，使积水流动起来，再修堤坝，建渠道，用引来的活水灌溉，就能将产生瘴气的洼地变成良田。
三是伐木。除了洼地之外，瘴气产生的另一个地方就是茂密的原始森林，李元利的计划是逐步选择性地砍伐其中的树木，使密林变稀疏，空气流通，就不容易产生瘴气。
这个工程十分巨大，但因原始森林中的瘴气对老百姓的生活影响并不大，所以伐木计划也不急于一时。
最后，李元利还写了预防瘴毒的方法，包括饮食卫生，行军宿营的注意事项，大量准备防治各种疾病的药材，以及喝薏米粥和嚼食槟榔抵抗瘴气等等方法。
“陛下，此事确实大利国家！”刘玄初很快看完了这份计划，“搞卫生除四害能够预防瘟疫疾病，特别是洼地改良田之策大有可为。”
“不说远了，就是顺天府之海甸一带，若是治理出来，何止良田万亩？只是此法若要在全国范围内推广，所耗钱粮太过巨大，国家怕是承受不起。”
李元利道：“光靠国家朝廷当然不行，得发动老百姓踊跃参与，官府在其中起宣传、组织和协调的作用。”
“陛下，咱们刚取消徭役，现在又要百姓出力，会不会有失民心？”
“你说错了！这不但不会失民心，反而是得民心之举。”李元利正色道：“除四害、搞卫生，从小处看，能够改善居住环境，使人居住起来更为舒适，从大处看，能够减少疾病和瘟疫爆发，无论怎么看，这都是对老百姓十分有利的事情。”
“官府要做好宣传和组织工作，要让老百姓明白其中利弊，老百姓都是明事理的，他们心中都有本帐，只要对他们有利的事情，他们绝对不会抵触！”
“至于治理洼地的事情，可以采用‘以工代税’的办法，等改造成良田之后，参与治理的百姓享有优先租赁这些良田耕种的权利……总之，办法多得很，要看你们有没有用心去做事！”
“陛下，臣受教了！”刘玄初很是心服口服地躬身行了一礼。
李元利摆手道：“好了！这只是一份粗略计划，具体要怎么实施，内阁再拿出份详细的方案来，如果没有问题就尽快实施。不过云南人烟稀少，发动百姓的方法显然不行，所以应以军队为主，官府发动百姓大力配合！”
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