因为这次雾隐村横插一脚，二代土影对水影怀恨在心，认为是他们坏了自己的好事，如果没有他们，说不定木叶早已被攻破。木叶第三十年十月，见到其他两处战场先后退回本土，本就在风之国境内的砂隐也返回村子，他们这次更多的趁火打劫，此时抢了不少好东西，自然是心满意足，没必要再和木叶死磕。如果认真算起
来，他们反倒是这次战争中得利最多的村子。
木叶第三十年十二月，各种小国先后停战，雾隐早已回村，第二次忍界大战结束。也就是在结束的当月，奈良老族长因操劳过度一病不起。
木叶三十一年一月，卧病一月的奈良老族长病逝，回归村子的猿飞日斩表示悲痛，并亲自举办葬礼。
之后的一切事情可谓告一段落，猿飞日斩在此次大战中闯出偌大的名声，五年多的战场生涯让他的实力突飞猛进，又因为忍术的多样，隐约中有“忍者博士”的名号传出，三代火影的位置终于座稳。
除他之外，木叶村中还有志村团藏、水户门炎、转寝小春、宇智波镜、以及新一代猪鹿蝶等等高手扬名。不过总体来说，第二次忍界大战是一场木叶村在被动的情况下打的一场大战，虽说最后获得了战胜国的名声，可实际上实力损失惨重，与云隐、岩隐、砂隐也只是停战，甚至因为此战还支援了大量的
物资给雾隐村。
战后只能勉强保持住五大村第一的位置，当年力压四村联手的盛况一去不返，五村的实力趋于平衡。
随后三代火影开始了他真正的执政生涯，开始处理内政休养生息。回到村子后，猿飞日斩也有了空闲的时间，自然记起了自己的两位弟子，之前的二战中，已有人实验过，三名忍者组成的小队最具有全面性，猿飞有新推广，便又在本届毕业生中挑选了一位名为自来
也的少年成为弟子。
说起来自来也与大蛇丸一届，但他并没有大蛇丸的天赋，在这个天才六岁毕业时，他还在忍者学校挨老师的训诫，一直到接近十二岁的今年才毕业，却没想到会成为三代火影的弟子。
于是，战争重新离去，五大村开始重新休养生息，所有人又恢复到了熟悉的和平之中。
在这种气氛下，木叶的新一代再次降世。然而在五大村并不知晓的情况下，趁着战乱，有相当一部分的力量混入了他们村子内部。那些事晓组织的成员，也就是俗称的间谍。
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